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文件格式

PDIndexer 读写的文件大致分为三类:谱图数据晶体列表/晶体结构绘图输出。所有这些输入输出操作都可以从主窗口文件 (File) 菜单中进行。

本页以表格形式汇总所支持的扩展名、输入输出方向以及备注。


谱图数据

读入(Read profile(s))

选择 文件 → 读入谱线 (Read profile(s)),可以一次读入多个文件。除本软件自有格式 pdi / pdi2 外,还支持 WinPIP 输出的 csv、Fit2D 输出的 chi、Rigaku 的 ras 等多种角度-强度(或能量-强度)文本/二进制格式。即使是下表未列出的格式,通常也可以读取:任何普通的角度-强度文本文件都会回退到通用解析器处理。

扩展名 来源/格式 备注
pdi / pdi2 PDIndexer 原生格式 将谱图与其附带信息(波源、波长、曝光时间等)一并保存。pdi2 为当前版本。读取这些文件时不会显示数据转换对话框。
csv WinPIP 输出(逗号分隔:angle,intensity 通过数据转换对话框导入,在其中指定横轴的含义、波源和波长。
tsv 制表符分隔(angle [TAB] intensity 作为通用文本导入。
chi Fit2D 输出 跳过开头的表头行,取四列数据中的第 2、4 列分别作为角度和强度。
ras Rigaku 格式 同时包含仪器信息的文本格式。
nxs NeXus / HDF5(SSD,多探测器) 可能包含多个通道(直方图);每个通道分别进行能量校准后导入。
npd EDX 谱图(SSD) 从表头读取 EGC0/1/22ThetaLive time 等,并将通道号转换为能量。
xbm EDX 二进制格式(如 SP-8 BL04B2) 样品名称、测量条件、EGC 校准系数等元数据作为注释导入。
rpt Genie 格式(SSD) 从表头读取出射角、曝光时间和 EGC。
xy 经 pyFAI 校准的双列文本 从表头读取波长,并导入角度与强度。
gsa GSAS 数据(BANK 块) 导入角度、强度、误差三列。
其他 通用角度-强度文本 自动检测逗号/空白/制表符分隔符(通过数据转换对话框)。

一次读入多个文件

选择并读入多个文件时,在确认完第一个文件的数据转换设置后,会弹出消息询问是否将相同设置应用于其余文件。选择 是 (Yes) 后,其余文件将不再显示对话框而直接批量处理,从而加快读入速度。

数据转换对话框(Data Converter)

读取除 pdi / pdi2 之外的文件(csvchirasnxsnpdxbmrptxygsa 以及通用文本)时,会打开 数据转换 (Data Converter) 对话框。在这里将导入的数值列正确对应到 PDIndexer 内部使用的物理量。

数据转换对话框

该对话框提供以下设置项。

设置项 说明
Horizontal Axis(横轴) 指定导入的第 1 列所代表的物理量(2θ、能量、晶面间距(d值)、波数、TOF 等)及其单位。
波源/波长 指定 X 射线/中子/电子束的种类,以及特征 X 射线谱线(Kα 等)或波长。由此决定向晶面间距(d值)和 2θ 的换算方式。
Exposure time (per step)(曝光时间) 每一步的曝光时间(秒)。用于 CPS 显示和强度归一化。
For SSD data(SSD 数据设置) 对于 rpt / npd / xbm / nxs 等 SSD(EDX)数据,设置将通道号 \(n\) 转换为能量 \(E\) 的系数 \(a_0, a_1, a_2\)。当存在多个探测器时,可以分别启用/禁用并单独设置各自的系数。
Low energy cutoff(低能量截止) 勾选后,导入时会排除低于指定能量的数据点。

对于 SSD 数据,通道号 \(n\) 通过如下二次校准公式转换为能量 \(E\)(单位 eV):

\[ E = a_0 + a_1\,n + a_2\,n^2 \]

读取通用文本(“其他”格式)时,对话框会在文本框中显示文件的实际内容,可以一边查看数据一边设置横轴、波源等。分隔符(逗号/空白/制表符)以及需要跳过的开头表头行数会自动检测。

监视剪贴板/文件夹

启用 选项 (Option) → 监视剪贴板 (Watch Clipboard) 后,PDIndexer 可以自动导入从 IPAnalyzer 等其他应用复制的谱图。启用 监视文件 (Watch File) 后,会自动读入指定文件夹中新创建的 pdi 文件。

保存与导出

文件 → 保存谱线 (Save profile(s)) 会将所有已读入的谱图以 PDIndexer 原生的 pdi2 格式保存。

文件 → 导出所选谱线 (Export the selected profile(s)) 可以将所选谱图以下列格式之一写出。

扩展名/格式 方向 备注
pdi2 输出 PDIndexer 原生格式。一次性保存所有谱图。
csv 输出 逗号分隔(角度、强度)。
tsv 输出 制表符分隔(角度和强度以制表符分隔)。
gsa(GSAS) 输出 用于 Rietveld 分析的 GSAS 格式。可以在下方的导出画面中查看内容。

以 GSAS 格式导出

选择 GSAS 格式后,会出现一个导出画面,供你确认将要写出的内容。第 1 行为谱图名称,第 2 行为 BANK 1 … CONST … FXYE 表头,其后各行包含角度、强度、误差三列。误差在谱图自身带有误差数据时取自该数据;否则使用 \(\sqrt{\text{intensity}}\)

GSAS 导出画面

角度的缩放

对于普通的角度色散数据,角度值会乘以 100 后写出(GSAS 的 CONST 惯例)。对于中子 TOF 数据,则按原值写出,不进行缩放。


晶体列表与晶体结构

晶体列表以 XML 格式(扩展名 xml)保存和读入。单个晶体结构可以从 CIF / AMC 导入。详情参见晶体参数

操作(文件菜单) 扩展名 方向 备注
载入晶体(作为新列表) xml 输入 读入晶体列表并替换当前列表(当前列表将被丢弃)。
载入晶体(并添加到当前列表) xml 输入 读入晶体列表并追加到当前列表末尾。
保存晶体 xml 输出 将当前晶体列表保存到文件。
导入 CIFAMC... cif / amc 输入 CIF 格式或 AMCAMCSD)格式的结构数据添加到当前晶体列表。
将所选晶体导出为 CIF cif 输出 将所选晶体保存为 CIF 结构数据文件。
将晶体恢复到初始状态 将晶体列表恢复到安装时的默认状态。

绘图(谱图查看器)输出

主窗口中当前显示的谱图可以作为图像复制到剪贴板,也可以作为矢量图元文件保存。

操作(文件菜单) 格式 方向 备注
复制为位图(as Bitmap) 位图 剪贴板 将查看器内容以位图图像的形式复制到剪贴板。
复制为图元文件(as Metafile) 图元文件(矢量) 剪贴板 将查看器内容以矢量形式复制到剪贴板。
保存为图元文件 emf(EMF) 输出 以 EMF(Enhanced Metafile)格式保存。由于保留了矢量和字体信息,保存的 emf 可以被 PowerPoint 和 Word 读取。

此外,页面设置 (Page Setup)打印预览 (Print Preview)打印 (Print) 可以直接打印当前的角度和强度范围。