Форматы файлов¶

Файлы, которые читает и записывает PDIndexer, делятся на три группы: данные профиля, списки кристаллов / кристаллические структуры и вывод рисования. Все эти операции ввода-вывода доступны из меню File главного окна.

На этой странице в виде таблиц перечислены поддерживаемые расширения, направление ввода-вывода и примечания.

Данные профиля¶

Чтение (Read profile(s))¶

File → Read profile(s) позволяет загрузить сразу несколько файлов. Помимо собственного формата PDIndexer pdi / pdi2, поддерживается ряд текстовых и бинарных форматов угол-интенсивность (или энергия-интенсивность), таких как csv от WinPIP, chi от Fit2D и ras от Rigaku. Даже форматы, не перечисленные ниже, обычно удаётся прочитать: любой обычный текстовый файл угол-интенсивность обрабатывается универсальным парсером.

Расширение	Происхождение / формат	Примечания
`pdi` / `pdi2`	Собственный формат PDIndexer	Хранит профиль вместе с сопутствующей информацией (источник излучения, длина волны, время экспозиции и т.д.). `pdi2` — текущая версия. При чтении этих файлов диалог Data Converter не отображается.
`csv`	Вывод WinPIP (через запятую: `angle,intensity`)	Импортируется через диалог Data Converter, где задаётся смысл горизонтальной оси, источник излучения и длина волны.
`tsv`	С разделителем-табуляцией (`angle` `[TAB]` `intensity`)	Импортируется как обычный текст.
`chi`	Вывод Fit2D	Начальные строки заголовка пропускаются; в качестве угла и интенсивности берутся 2-й и 4-й столбцы четырёхколоночных данных.
`ras`	Формат Rigaku	Текстовый формат, содержащий также информацию об оборудовании.
`nxs`	NeXus / HDF5 (SSD, несколько детекторов)	Может содержать несколько каналов (гистограмм); каждый калибруется по энергии и импортируется отдельно.
`npd`	Профиль EDX (SSD)	Из заголовка считываются `EGC0/1/2`, `2Theta`, `Live time` и т.д., номер канала преобразуется в энергию.
`xbm`	Бинарный формат EDX (например, SP-8 BL04B2)	Метаданные — имя образца, условия измерения, коэффициенты калибровки EGC — импортируются как комментарий.
`rpt`	Формат Genie (SSD)	Из заголовка считываются угол выхода, время экспозиции и EGC.
`xy`	Двухколоночный текст, калиброванный pyFAI	Длина волны считывается из заголовка, импортируются угол и интенсивность.
`gsa`	Данные GSAS (блок `BANK`)	Импортируются три столбца: угол, интенсивность, погрешность.
Прочие	Универсальный текст угол-интенсивность	Разделитель (запятая / пробел / табуляция) определяется автоматически (через диалог Data Converter).

Загрузка нескольких файлов сразу

Если выбрать и прочитать несколько файлов, то после подтверждения настроек Data Converter для первого файла появится сообщение с вопросом, использовать ли те же настройки для остальных файлов. Выбор Yes обрабатывает оставшиеся файлы без показа диалога, что ускоряет загрузку.

Диалог Data Converter¶

При чтении любого файла, кроме pdi / pdi2 (csv, chi, ras, nxs, npd, xbm, rpt, xy, gsa и обычного текста), открывается диалог Конвертер данных. В нём импортированные числовые столбцы сопоставляются с корректными физическими величинами, используемыми внутри PDIndexer.

В диалоге задаются следующие параметры.

Параметр	Описание
Horizontal Axis	Физическая величина (2θ, энергия, межплоскостное расстояние (d), волновое число, TOF и т.д.) и единица измерения, представленные первым импортированным столбцом.
Источник излучения / длина волны	Рентгеновское излучение / нейтроны / электроны, а также характеристическая линия рентгеновского излучения (Kα и т.д.) или длина волны. Это определяет пересчёт в межплоскостное расстояние (d) и 2θ.
Время экспозиции (на шаг)	Время экспозиции на один шаг в секундах. Используется для отображения CPS и нормализации интенсивности.
Для данных SSD	Для данных SSD (EDX), таких как `rpt` / `npd` / `xbm` / `nxs`, задаются коэффициенты \(a_0, a_1, a_2\), преобразующие номер канала \(n\) в энергию \(E\). При наличии нескольких детекторов каждый из них можно включать/выключать и настраивать коэффициенты индивидуально.
Low energy cutoff	Если отмечено, точки данных ниже указанной энергии исключаются при импорте.

Для данных SSD номер канала \(n\) преобразуется в энергию \(E\) (в эВ) по квадратичной калибровочной формуле:

\[ E = a_0 + a_1\,n + a_2\,n^2 \]

При чтении обычного текста (формат «прочие») диалог показывает реальное содержимое файла в текстовом поле, что позволяет задавать горизонтальную ось, источник излучения и другие параметры, одновременно просматривая данные. Разделитель (запятая / пробел / табуляция) и число начальных строк заголовка, которые нужно пропустить, определяются автоматически.

Слежение за буфером обмена / папкой

Если включить Option → Watch Clipboard, PDIndexer автоматически импортирует профили, скопированные из других приложений, например IPAnalyzer. Если включить Watch File, PDIndexer автоматически считывает новые файлы pdi, создаваемые в выбранной папке.

Сохранение и экспорт¶

File → Save profile(s) сохраняет все загруженные профили в собственном формате PDIndexer pdi2.

File → Export the selected profile(s) записывает выбранный профиль в одном из следующих форматов.

Расширение / формат	Направление	Примечания
`pdi2`	Выход	Собственный формат PDIndexer. Сохраняет все профили сразу.
`csv`	Выход	С разделителем-запятой (угол, интенсивность).
`tsv`	Выход	С разделителем-табуляцией (угол и интенсивность разделены табуляцией).
`gsa` (GSAS)	Выход	Формат GSAS для Ритвельдовского анализа. Содержимое можно проверить на экране экспорта ниже.

Экспорт в формате GSAS¶

При выборе формата GSAS появляется экран экспорта, позволяющий просмотреть записываемое содержимое. Строка 1 — имя профиля, строка 2 — заголовок BANK 1 … CONST … FXYE, далее следуют три столбца: угол, интенсивность и погрешность. Погрешность берётся из собственных данных о погрешности профиля, если они есть; в противном случае используется \(\sqrt{\text{intensity}}\).

Масштабирование угла

Для обычных данных с угловой дисперсией значения угла записываются умноженными на 100 (соглашение CONST формата GSAS). Для нейтронных данных TOF значения записываются как есть, без масштабирования.

Списки кристаллов и кристаллические структуры¶

Списки кристаллов сохраняются и загружаются в виде файлов XML (расширение xml). Отдельные кристаллические структуры можно импортировать из CIF / AMC. Подробности см. в разделе Параметры кристалла.

Операция (меню File)	Расширение	Направление	Примечания
Load crystals (as a new list) (Загрузить кристаллы (как новый список))	`xml`	Вход	Загружает список кристаллов и заменяет текущий список (текущий список отбрасывается).
Load crystals (and add to the present list) (Загрузить кристаллы (и добавить к текущему списку))	`xml`	Вход	Загружает список кристаллов и добавляет его в конец текущего списка.
Save crystals (Сохранить кристаллы)	`xml`	Выход	Сохраняет текущий список кристаллов в файл.
Import CIF, AMC... (Импорт CIF, AMC...)	`cif` / `amc`	Вход	Добавляет данные структуры в формате CIF или AMC (AMCSD) в текущий список кристаллов.
Export the selected crystal to CIF (Экспортировать выбранный кристалл в CIF)	`cif`	Выход	Сохраняет выбранный кристалл как файл структурных данных CIF.
Revert crystals to the initial state (Вернуть кристаллы в исходное состояние)	—	—	Восстанавливает список кристаллов до состояния по умолчанию, установленного при инсталляции.

Вывод рисования (просмотрщик профилей)¶

Профиль, отображаемый в данный момент в главном окне, можно скопировать в буфер обмена как изображение или сохранить как векторный метафайл.

Операция (меню File)	Формат	Направление	Примечания
Copy to Clipboard (as Bitmap data) (Копировать в буфер обмена как данные Bitmap)	Растр (Bitmap)	Буфер обмена	Копирует содержимое просмотрщика в буфер обмена как растровое изображение.
Copy to Clipboard (as Metafile data) (Копировать в буфер обмена как данные Metafile)	Метафайл (вектор)	Буфер обмена	Копирует содержимое просмотрщика в буфер обмена в векторной форме.
Save as Metafile (Сохранить как Metafile)	`emf` (EMF)	Выход	Сохраняет в формате EMF (Enhanced Metafile). Поскольку сохраняется векторная и шрифтовая информация, сохранённый `emf` можно открыть в PowerPoint и Word.

Кроме того, команды Page Setup, Print Preview и Print позволяют напрямую распечатать текущий диапазон угла и интенсивности.