Spot ID v1¶
Spot ID v1 détecte, ajuste et indexe les taches de diffraction à partir d'images expérimentales de diffraction électronique. Il prend également en charge la recherche manuelle d'axe de zone à partir d'une géométrie de taches saisie numériquement (l'ancien TEM ID).
Raccourcis clavier et souris¶
Spot ID v1 prend la géométrie des taches comme entrée numérique (l'ancien flux de travail TEM ID), et la détection/l'ajustement des taches s'effectuent à l'aide de boutons ; l'image de diffraction est affichée à titre de référence et n'est pas cliquable (le zoom à la souris et la sélection manuelle des taches relèvent de Spot ID v2). Le seul raccourci se trouve dans la fenêtre des résultats :
| Raccourci | Action |
|---|---|
| F1 | Ouvrir cette page du manuel en ligne |
| Double-clic sur une ligne de la liste des résultats | Sélectionner ce cristal et le faire pivoter vers l'axe de zone correspondant |
→ Voir 21. Raccourcis clavier et souris pour un aperçu de toutes les fenêtres.
Zone principale¶
Affiche l'image de diffraction à titre de référence. Chargez les images par glisser-déposer ou via le menu File.
Ajustements de l'image¶
| Réglage | Description |
|---|---|
| Min / Max | Plage de luminosité (réglable aussi via le curseur) |
| Gradient | Positif ou Négatif |
| Scale | Linéaire ou Log |
| Colour | Niveaux de gris ou Cold-Warm |
| Dust & Scratch | Supprimer les pixels exceptionnellement clairs/sombres (définir la plage et le seuil) |
| Gaussian blur | Appliquer un flou (plage en pixels) |
Optics¶
Saisissez la source incidente, l'énergie/longueur d'onde, la longueur de caméra et la taille de pixel du détecteur.
Si un fichier dm3/dm4 (Gatan Digital Micrograph) est chargé, ces valeurs sont définies automatiquement.
Détection et ajustement des taches¶
Appuyez sur Detect & fit spots pour détecter automatiquement les taches de diffraction et les ajuster avec une fonction Pseudo-Voigt 2D. Les résultats apparaissent dans le tableau.
Options de détection¶
| Paramètre | Description |
|---|---|
| Number | Nombre maximal de taches à détecter |
| Nearest neighbour | Distance minimale entre les taches détectées |
| Fitting range | Rayon (pixels) autour de chaque tache pour l'ajustement |
Commandes du tableau¶
| Bouton | Action |
|---|---|
| Reset range | Réinitialiser la plage d'ajustement pour toutes les taches |
| Show label/symbol | Superposer des étiquettes/symboles sur l'image |
| Clear all spots | Supprimer toutes les taches |
| Save / Copy | Exporter le tableau au format séparé par des tabulations (Excel) |
| Re-fit all | Réajuster toutes les taches |
Fenêtre de détail de la tache¶
Cochez la case pour ouvrir une fenêtre de détail affichant la tache sélectionnée (à gauche) et les profils dans quatre directions (à droite). Bleu = données observées, rouge = ajustement.
Index¶
Appuyez sur Identify spots pour indexer les taches détectées par rapport au cristal sélectionné dans la fenêtre principale.
| Réglage | Description |
|---|---|
| Acceptable error | Tolérance pour l'indexation |
| Single grain / Multi grains | Indexer comme cristal unique ou comme plusieurs grains (définir le nombre maximal de grains) |
| Show label/symbol | Superposer les étiquettes indexées sur l'image |
| Refine thickness and direction | Appliquer la théorie dynamique (méthode de Bethe) pour affiner l'épaisseur de l'échantillon et l'orientation du cristal qui correspondent le mieux aux intensités détectées |
Recherche d'axe de zone à partir de la géométrie des taches (ancien TEM ID)¶
Lorsque vous n'avez pas d'image à charger, vous pouvez tout de même rechercher des axes de zone candidats en saisissant à la main la géométrie d'un cliché de diffraction électronique en aire sélectionnée (SAED). Saisissez les conditions d'observation MET et la géométrie des taches, puis appuyez sur Search zone axes pour trouver des orientations cristallines candidates.
TEM condition¶
Saisissez les conditions d'observation MET (tension d'accélération, longueur de caméra, etc.).
Photo 1, 2, 3¶
Saisissez la géométrie des taches de diffraction.
- Pour saisir la distance entre deux taches sur le détecteur, utilisez le champ mm.
- Si vous connaissez la valeur d, saisissez-la dans les unités Å ou nm⁻¹.
Three sides mode : Saisissez les longueurs des trois côtés d'un triangle dont l'un des sommets est le direct spot.
Two sides and an angle mode : Saisissez les longueurs de deux côtés (y compris le direct spot) ainsi que l'angle entre eux.