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Manuale di ReciPro

Breve introduzione

  • ReciPro è un software gratuito, distribuito sotto licenza MIT, che fornisce una grande varietà di calcoli cristallografici e di simulazioni di microscopia elettronica.
  • Dalla sua pubblicazione su GitHub (marzo 2020) ReciPro è stato scaricato complessivamente più di 27.000 volte ed è utilizzato da numerosi cristallografi e microscopisti elettronici.

Trova per obiettivo

Obiettivo Inizia qui Passi successivi principali
Caricare un cristallo e impostarne l'orientazione Finestra principale Geometria di rotazione, Appendice A1. Sistemi di coordinate
Esaminare una struttura cristallina in 3D Visualizzatore struttura Informazioni di simmetria
Calcolare pattern SAED / XRD / PED / CBED Simulatore di diffrazione SAED, Diffrazione di raggi X, PED, CBED
Calcolare immagini HRTEM / STEM Simulatore HRTEM/STEM HRTEM, STEM
Simulare pattern EBSD Simulazione EBSD Traiettorie elettroniche, Appendice A3. Calcolo EBSD
Indicizzare spot di diffrazione sperimentali Spot ID v1, Spot ID v2 Simulatore di diffrazione
Comprendere le equazioni della diffrazione dinamica Appendice A3. Metodo delle onde di Bloch Calcolo dinamico, CBED, STEM, EBSD

Funzionalità

  • Full GUI : Tutte le operazioni vengono eseguite tramite un'interfaccia grafica. La maggior parte dell'I/O dei file supporta il trascinamento (drag and drop).
  • Elenco cristalli : Gestire più cristalli contemporaneamente; non è necessario aprire una finestra separata per ogni cristallo.
  • Database dei gruppi spaziali : Database integrato che copre i 230 gruppi spaziali delle International Tables Volume A, oltre a 530 simboli di Hall, con elementi di simmetria, posizioni di Wyckoff e regole di estinzione. Gli elementi di simmetria e le posizioni generali possono essere disegnati come diagrammi schematici nello stile delle International Tables Vol. A (vedi 2. Informazioni di simmetria).
  • Informazioni atomiche : Fattori di diffusione (raggi X, elettroni, neutroni), energie dei raggi X caratteristici, rapporti isotopici, ecc. per gli elementi da H (1) a Cf (98).
  • Rotazione flessibile del cristallo : Impostare l'orientazione tramite indici di asse di zona/piano cristallino oppure trascinando con il mouse. La notazione di Miller-Bravais (4 indici hkil) è supportata per i sistemi trigonale/esagonale. Lo stato di rotazione è sincronizzato fra tutte le finestre di simulazione.
  • Simulazione di diffrazione : Diffrazione elettronica cinematica e dinamica (metodo delle onde di Bloch), diffrazione di raggi X (incluse le camere a precessione e back-Laue), diffrazione elettronica a precessione (PED) e diffrazione elettronica a fascio convergente (CBED). Una simulazione del portacampioni TEM collega il pattern di diffrazione agli angoli di inclinazione del portacampioni.
  • Simulazione HRTEM / STEM : Simulazione di immagini TEM ad alta risoluzione con modelli di coerenza parziale; STEM con diffusione termica diffusa.
  • EBSD e traiettorie elettroniche : Simulazione di pattern EBSD e simulazione Monte Carlo delle traiettorie elettroniche (vedi 8. Traiettorie elettroniche).
  • Indicizzazione degli spot : Rilevamento, fitting e indicizzazione automatici degli spot di diffrazione da immagini sperimentali (Spot ID v1/v2).
  • Macro : Macro in sintassi Python per automatizzare le operazioni (vedi 20. Macro).
  • Tema chiaro / scuro : L'interfaccia segue una modalità colore chiara o scura selezionabile.

Requisiti di sistema

Voce Minimo Consigliato
OS Windows con .NET Desktop Runtime 10.0 (Windows on ARM64 supportato) Windows 11
GPU OpenGL 1.3 GPU esterna con OpenGL 4.3
Memoria - 16 GB o più
CPU - 8+ core (per i calcoli dinamici)

Windows on ARM (nativo, sperimentale) : Un pacchetto portable ARM64 nativo sperimentale (ReciPro-v.X_arm64.zip, self-contained — nessuna installazione del .NET Runtime richiesta) è disponibile nella pagina dei rilasci. Anche i normali pacchetti x64 funzionano su Windows ARM64 grazie all'emulazione integrata. Per note sulla configurazione e limitazioni vedi Risoluzione dei problemi.

macOS (non ufficiale) : ReciPro supporta ufficialmente solo Windows, ma è stato segnalato che il pacchetto ZIP portable win-x64 funziona su macOS (Apple Silicon) utilizzando il wrapper Wine Sikarugir in combinazione con il driver OpenGL Mesa3D. Una guida alla configurazione pubblicata da un utente è disponibile all'indirizzo https://github.com/Ryo-fkushima/ReciPro_macOS_memo. Si noti che questa via non è ufficialmente supportata e alcuni simboli (Å, apici, frecce) potrebbero essere visualizzati in modo errato. Lo ZIP ARM64 non funziona su macOS + Wine, e l'attuale via x64 + Rosetta 2 dovrebbe smettere di funzionare a partire da macOS 28 (autunno 2027) — per i dettagli vedi Risoluzione dei problemi.

Come usare questo manuale

Questo manuale su GitHub Pages è la fonte di riferimento attuale. Usa la navigazione a sinistra per sfogliare i capitoli, oppure la ricerca nell'intestazione per trovare il nome di una funzione o un'etichetta dell'interfaccia. I vecchi manuali in PDF sono conservati a scopo di archivio.

Avvio rapido

  1. Scarica e installa da Releases.
  2. Seleziona un cristallo dall'elenco integrato (~80 cristalli). Puoi anche importare file CIF o usare CSManager.
  3. Richiama le funzioni dal pannello di destra: Visualizzatore struttura, Stereogramma, Simulatore di diffrazione, simulazione HRTEM, ecc.
  4. Ruota il cristallo trascinando con il mouse o inserendo gli indici di asse di zona/piano.

Riferimento

Y. Seto, "ReciPro: free and open-source multipurpose crystallographic software integrating a crystal operation interface and diffraction simulators," J. Appl. Cryst. 55, 397–410 (2022). https://doi.org/10.1107/S1600576722000139

Licenza

ReciPro è distribuito sotto la Licenza MIT.