Visualizzatore struttura¶
Il Visualizzatore struttura disegna la struttura del cristallo selezionato come immagine tridimensionale utilizzando OpenGL.
Scorciatoie da tastiera e mouse¶
La finestra dispone di una vista 3D principale più due piccoli gizmo — il riquadro degli assi cristallografici (in basso a sinistra) e il riquadro della direzione della luce (in alto a sinistra) — e ciascuno risponde in modo diverso al trascinamento con il tasto sinistro. La vista principale utilizza la navigazione della vista OpenGL standard di ReciPro.
| Scorciatoia | Azione |
|---|---|
| F1 | Apre questa pagina del manuale online |
| CTRL+SHIFT+C | Copia l'immagine renderizzata negli appunti |
| Trascinamento con il tasto sinistro nella vista principale | Ruota il modello |
| Doppio clic sinistro su un atomo | Mostra le sue coordinate, le distanze dai vicini più prossimi e gli angoli di legame |
| Trascinamento con il tasto destro su/giù, o rotellina del mouse | Zoom |
| Trascinamento con il tasto centrale | Spostamento |
| CTRL + trascinamento con il tasto destro su/giù | Cambia la distanza della camera (solo in modalità prospettica) |
| CTRL + doppio clic destro | Alterna la proiezione ortografica / prospettica |
| Trascinamento con il tasto sinistro sul gizmo degli assi cristallografici | Ruota il modello (senza rotazione nel piano) |
| Trascinamento con il tasto sinistro sul gizmo della luce | Cambia la direzione dell'illuminazione |
Anche le scorciatoie CTRL+SHIFT valide per tutta l'applicazione provenienti dalla finestra principale funzionano mentre questa finestra ha il fuoco.
→ Vedi 21. Scorciatoie da tastiera e mouse per una panoramica di tutte le finestre.
Area principale¶
Struttura cristallina 3D con sorgente luminosa, assi cristallografici e legenda degli atomi.
Il riquadro Size (W×H) in alto a destra nella finestra imposta la dimensione in pixel utilizzata quando si salva o si copia l'immagine renderizzata. Il riquadro ProjWidth accanto ad esso mostra la larghezza della vista proiettata in nm. Modifica il valore per zoomare numericamente — resta sincronizzato con lo zoom tramite trascinamento con il tasto destro / rotellina sulla vista.
Barra dei menu¶
Menu File¶
Salva immagine, copia negli appunti (Ctrl+Shift+C), salva filmato (MP4).
Salva filmato apre la finestra di dialogo delle impostazioni del filmato mostrata sotto. Un filmato può ruotare la vista, traslare il centro di proiezione o fare entrambe le cose contemporaneamente — seleziona Rotation e/o Translation:
- Rotation: ruota la vista alla velocità Speed (°/s; i valori negativi invertono il senso di rotazione) attorno all'asse scelto sotto — Proiezione corrente (direzione di inclinazione scelta con i pulsanti freccia), un Indice di direzione [uvw] o la normale di un Piano reticolare (hkl).
- Translation: sposta il centro di proiezione lungo l'indice di direzione [uvw] alla velocità Speed (periodi reticolari al secondo). Questa opzione compare solo quando la finestra di dialogo viene aperta dal Visualizzatore struttura e, finché è attiva, Indice di direzione è l'unica modalità di direzione disponibile.
Imposta la lunghezza del filmato (Duration), la frequenza dei fotogrammi (FPS, 1–120) e la qualità di codifica (Quality, 1–100; valori più alti usano un bitrate maggiore e producono un file più grande), scegli il codec (H264 / H265) e premi OK per generare un file MP4. Include final frame aggiunge un fotogramma extra a t = Duration, così il filmato termina esattamente nell'orientamento/posizione finale. (L'elenco della velocità di codifica serve ormai solo come etichetta nella visualizzazione dell'avanzamento e non influisce più sulla codifica effettiva.)
Menu Strumenti¶
Menu a schede¶
Limiti definiti dalla cella¶
Specifica l'intervallo di disegno del cristallo. Sono disponibili due modalità, commutate con i pulsanti di opzione in alto.
In questa modalità gli assi a, b, c della cella elementare sono l'unità dell'intervallo di disegno.
- Center: coordinata frazionaria centrale del volume di disegno.
- Range: limite superiore/inferiore per ciascuno degli assi a, b, c.
- Pulsanti preimpostati a destra forniscono valori usati di frequente (ad esempio, cella 1×1×1, cella 2×2×2).
Limiti definiti dai piani cristallini¶
In questa modalità l'area di disegno è delimitata da un insieme di piani cristallini. Se i piani non definiscono una regione spazialmente chiusa, ReciPro ricorre automaticamente a un limite di una cella elementare.
Elenco dei limiti¶
Tutti i piani di delimitazione registrati per il cristallo corrente. Usa Add / Replace / Delete per gestire l'elenco; la casella di controllo più a sinistra disabilita temporaneamente un piano senza eliminarlo.
Per salvare le modifiche in modo permanente, devi anche premere Add o Replace nella Finestra principale. Altrimenti le modifiche andranno perse la prossima volta che cambierai la selezione nell'elenco principale dei cristalli.
Indici H k l¶
Imposta il piano di delimitazione tramite il suo indice di Miller. La casella di controllo include i piani cristallograficamente equivalenti generati a partire da (hkl) selezionato.
Distanza dall'origine¶
La distanza dal centro del cristallo al piano di delimitazione. L'unità è selezionabile tra d e Å. Con d, la distanza è il valore immesso moltiplicato per la distanza interplanare d di (hkl) selezionato. Con Å, il valore è la distanza assoluta. La modifica di uno aggiorna automaticamente l'altro.
Mostra piani di delimitazione / Opacità¶
Mostra o nasconde i piani di delimitazione stessi. Quando sono mostrati, Opacity imposta la trasparenza (0 = trasparente, 1 = opaco).
Taglia gli oggetti con i piani di delimitazione¶
Se selezionato, viene renderizzata solo la regione interna definita dai limiti; gli atomi, i legami e i poliedri che intersecano i limiti vengono tagliati.
Nascondi atomi¶
Se selezionato, tutti gli atomi, i legami e i poliedri vengono nascosti — utile quando occorre visualizzare solo la cella o i piani reticolari.
Atomi¶
Coordinate, elemento, occupazione, raggio, colore, materiale. Apply to same elements.
Elenco degli atomi¶
L'elenco degli atomi nel cristallo. Usa Add / Replace / Delete per gestire l'elenco; la casella di controllo più a sinistra nasconde temporaneamente un atomo.
Per salvare le modifiche in modo permanente, fai clic su Add o Replace anche nella Finestra principale.
Elemento e posizione¶
- Label: etichetta a testo libero per l'atomo (usata nelle legende e nei tooltip).
- Element: elemento chimico / stato di ionizzazione.
- X, Y, Z: coordinate frazionarie. Numeri reali in 0–1, oppure frazioni come
1/2o2/3. - Occ: occupazione, un numero reale 0–1.
Spostamento dell'origine¶
Sposta ogni atomo dello stesso scostamento frazionario. Premi un pulsante preimpostato (ad esempio, per scambiare la scelta dell'origine 1 / 2 per lo stesso gruppo spaziale), oppure inserisci un (Δx, Δy, Δz) personalizzato e premi Apply custom shift.
Aspetto¶
Raggio, colore e materiale per ciascun atomo.
- Radius: raggio atomico disegnato.
- Atom color: colore della superficie.
- Material: proprietà di texture / materiale usate dallo shader OpenGL.
- Apply to same elements: applica il raggio e il colore correnti a ogni atomo della stessa specie elementare.
Legami e poliedri¶
Soglie della lunghezza dei legami, visualizzazione dei poliedri, spigoli.
Elenco dei legami¶
Tutte le regole di legame/poliedro registrate per il cristallo. Usa Add / Replace / Delete; la casella di controllo più a sinistra disabilita temporaneamente una voce. Come per gli atomi e i limiti, è necessario Add / Replace nella Finestra principale per rendere permanente la modifica.
Proprietà del legame¶
- Bonding Atom (center): specie elementare usata come atomo centrale del legame / poliedro.
- Bonding Atom (vertex): specie elementare usata come vertice (l'altra estremità).
- Length between … and …: soglie di distanza inferiore e superiore. Le coppie di atomi al di fuori di questo intervallo non vengono disegnate.
- Bond Radius: spessore disegnato del legame (raggio del cilindro).
- Alpha: trasparenza del legame (0 = trasparente, 1 = opaco).
Proprietà del poliedro¶
- Show Polyhedron: se selezionato, viene disegnato il poliedro definito dal legame corrente (solo se l'insieme centro/vertice è geometricamente valido).
- Inner Bonds: mostra/nasconde i legami all'interno del poliedro.
- Center Atom: mostra/nasconde l'atomo centrale.
- Vertex Atoms: mostra/nasconde gli atomi ai vertici.
- Color / Alpha: colore della faccia e trasparenza.
- Mostra spigoli: disegna gli spigoli che collegano i vertici.
- Edge Color / Width: colore e spessore della linea degli spigoli.
Cella elementare¶
Traslazione, piani della cella, spigoli.
Traslazione¶
Ogni gruppo spaziale ha un'origine predefinita. Per allontanare il centro della cella elementare disegnata da tale origine, imposta la traslazione lungo a, b, c.
Mostra piano della cella¶
Se disegnare le sei facce che delimitano la cella elementare. Quando è abilitato, puoi impostare il colore della faccia e la trasparenza.
Mostra spigoli¶
Se disegnare gli spigoli della cella elementare. Il colore degli spigoli è configurabile.
Piani reticolari¶
Specifica dell'indice di Miller con equivalenti cristallografici.
Indici H k l¶
Specifica il piano reticolare tramite il suo indice di Miller. La casella di controllo include facoltativamente i piani cristallograficamente equivalenti generati a partire da (hkl).
Traslazione¶
Trasla il piano reticolare disegnato di un multiplo intero della sua distanza interplanare d — utile per visualizzare piani successivi della stessa famiglia.
Coordinazione¶
Tabella e grafico di coordinazione attorno all'atomo bersaglio.
Tabella (lato sinistro)¶
Elenca quali atomi circondano l'atomo bersaglio selezionato e a quale distanza. L'atomo bersaglio viene selezionato dal menu a discesa sopra la tabella.
Grafico (lato destro)¶
Istogramma del numero di vicini in funzione della distanza, derivato dagli stessi dati della tabella. Regola Bar Width finché le barre non separano chiaramente i gusci di coordinazione — questo fornisce una stima visiva del numero di coordinazione.
Informazioni¶
Registro di rendering (tempo per fotogramma, informazioni sulla GPU) e informazioni di base sull'atomo selezionato. In costruzione — i campi potrebbero aumentare nel tempo.
Proiezione¶
Modalità di proiezione (ortografica/prospettica), dissolvenza in profondità, qualità di rendering, modalità di trasparenza.
Proiezione¶
- Orthographic: proiezione parallela perfetta (punto di vista all'infinito).
- Perspective: proiezione prospettica dalla distanza del punto di vista impostata con il cursore.
Dissolvenza in profondità¶
Dissolve gli oggetti distanti nella direzione della profondità. Gli oggetti più lontani di Far sono completamente trasparenti; gli oggetti più vicini di Near sono completamente opachi; gli oggetti intermedi vengono interpolati linearmente.
Centro di proiezione¶
Imposta il centro della proiezione sulle coordinate specificate. Attiva Personalizzato per inserire coordinate arbitrarie. Ogni coordinata viene ricondotta all'intervallo da −0.5 a +0.5 (un periodo reticolare). Un filmato Translation (vedi il Menu File) controlla automaticamente questi valori.
Qualità di rendering¶
Qualità del disegno (suddivisione della mesh, anti-aliasing). Una qualità più alta è più lenta — scegli l'impostazione adatta alla tua GPU.
Modalità di trasparenza¶
Algoritmo usato per gli atomi e i poliedri traslucidi.
- Approximate: veloce ma può essere impreciso quando molti oggetti traslucidi si sovrappongono.
- Perfect: trasparenza indipendente dall'ordine — accurata ma molto lenta, richiede di fatto una GPU dedicata.
Elementi di simmetria¶
La scheda Symmetry Elements disegna gli operatori di simmetria del gruppo spaziale direttamente sul modello 3D (attivabile con il pulsante Symmetry Elements della barra degli strumenti). Ogni classe di elementi può essere mostrata/nascosta in modo indipendente:
- Assi di rotazione e assi elicogiri
- Piani speculari e piani di scorrimento
- Centri di inversione e assi di rotoinversione
Per ciascuna classe puoi regolare la dimensione del simbolo, lo spessore della linea e il colore.
Varie¶
- Accessory controls: imposta le dimensioni di visualizzazione (sfera della luce, assi, legenda). Group by element commuta la visualizzazione della legenda.
- Bonded atoms: Show bonded atoms even if they are outside the boundaries continua a disegnare gli atomi legati ad atomi interni all'intervallo di disegno, anche quando ricadono al di fuori di esso.
- Label: imposta la dimensione del carattere, il colore e le altre proprietà delle etichette degli atomi.
Barra degli strumenti¶
| Pulsante | Descrizione |
|---|---|
| Axes | Mostra l'orientamento degli assi (dimensione = costante reticolare) |
| Light | Imposta la direzione della luce |
| Legend | Legenda degli atomi |
| Atoms | Commuta gli oggetti atomo |
| Labels | Commuta le etichette degli atomi |
| Unit Cell | Commuta gli spigoli della cella elementare |
| Sym. Elems. | Commuta la sovrapposizione degli elementi di simmetria (vedi sopra) |
| Reset Rotation | Torna all'orientamento iniziale |
| Like Vesta | Aspetto in stile Vesta |