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结构查看器

结构查看器 使用 OpenGL 将选定晶体的结构绘制为三维图像。

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键盘和鼠标快捷键

该窗口包含一个主三维视图,以及两个小部件——晶体轴 框(左下角)和 光源方向 框(左上角)——它们对左键拖动的响应各不相同。主视图使用 ReciPro 的标准 OpenGL 视图导航

快捷键 操作
F1 打开本页在线手册
CTRL+SHIFT+C 将渲染的图像复制到剪贴板
在主视图中左键拖动 旋转模型
左键双击某个原子 显示其坐标、最近邻距离和键角
右键向上/向下拖动,或滚动鼠标滚轮 缩放
中键拖动 平移
CTRL + 右键向上/向下拖动 更改相机距离(仅透视模式)
CTRL + 右键双击 在正交/透视投影之间切换
拖动 晶体轴 小部件 旋转模型(无平面内自旋)
拖动 光源 小部件 更改照明方向

来自主窗口的应用程序级 CTRL+SHIFT 快捷键在此窗口处于焦点状态时也同样有效。

→ 请参阅 21. 键盘和鼠标快捷键 以一览所有窗口。


主区域

带有光源、晶体轴和原子图例的三维晶体结构。

窗口右上角的 Size (W×H) 框设置保存或复制渲染图像时所用的像素尺寸。 旁边的 ProjWidth 框显示投影视图的宽度(单位 nm)。编辑该值即可按数值缩放——它与视图上的右键拖动/滚轮缩放保持同步。


菜单栏

菜单栏

文件菜单

保存图像、复制到剪贴板(Ctrl+Shift+C)、保存影片(MP4)。

保存影片 会打开下方的影片设置对话框。影片可以旋转视图、平移投影中心,或两者同时进行——请勾选 Rotation 和/或 Translation

  • Rotation:使视图以 Speed(°/s;负值反转旋转方向)绕下方选择的轴旋转——当前投影(用箭头按钮选择的倾斜方向)、方向指数 [uvw],或 晶面 (hkl) 的法线。
  • Translation:使投影中心沿方向指数 [uvw] 以 Speed(晶格周期/秒)平移。此选项仅在从结构查看器打开该对话框时显示;启用期间,方向模式只能选择 方向指数

设置影片长度(Duration)、帧率(FPS,1–120)和编码器质量(Quality,1–100;数值越大比特率越高,文件也越大),选择编解码器(H264 / H265),然后按 OK 生成 MP4 文件。勾选 Include final frame 会在 t = Duration 处额外追加一帧,使影片恰好结束于最终的取向/位置。(编码速度列表现在仅用于标注进度显示,不再影响实际编码。)

影片设置对话框

工具菜单


选项卡菜单

由晶胞定义的边界

指定晶体的绘制范围。共有两种模式,通过顶部的单选按钮切换。

边界选项卡

在此模式下,晶胞的 abc 轴是绘制范围的单位。

  • 中心:绘制体积的中心分数坐标。
  • 范围abc 各轴的上限/下限。
  • 右侧的 预设按钮 提供常用值(例如 1×1×1 晶胞、2×2×2 晶胞)。

由晶面定义的边界

由晶面定义的边界

在此模式下,绘制区域由一组晶面界定。如果这些面未能定义出一个空间上封闭的区域,ReciPro 会自动回退为单个晶胞的边界。

边界列表

为当前晶体注册的所有边界面。使用 添加 / 替换 / 删除 来操作列表;最左侧的复选框可在不删除某个面的情况下临时禁用它。

要永久保存更改,您还必须在 主窗口 中按 添加替换。否则,下次在主晶体列表中更改选择时,更改将丢失。

H k l 指数

通过米勒指数设置边界面。该复选框会包含由选定的 (hkl) 生成的晶体学等价面。

距原点的距离

从晶体中心到边界面的距离。单位可在 dÅ 之间选择。使用 d 时,距离为输入值乘以选定 (hkl) 的 d 值(晶面间距)。使用 Å 时,该值为绝对距离。更改其中之一会自动更新另一个。

显示边界平面 / 不透明度

显示或隐藏边界面本身。显示时,Opacity 设置透明度(0 = 透明,1 = 不透明)。

按边界平面裁剪对象

如果勾选,则仅渲染由边界定义的内部区域;与边界相交的原子、化学键和多面体将被裁剪。

隐藏原子

如果勾选,则隐藏所有原子、化学键和多面体——当只需要可视化晶胞或晶面时很有用。

原子

原子选项卡

坐标、元素、占有率、半径、颜色、材质。Apply to same elements

原子列表

晶体中的原子列表。使用 添加 / 替换 / 删除 来操作列表;最左侧的复选框可临时隐藏某个原子。

要永久保存更改,也请在 主窗口 中单击 添加替换

元素和位置

  • 标签:原子的自由文本标签(用于图例和工具提示)。
  • Element:化学元素 / 电离状态。
  • X, Y, Z:分数坐标。0–1 之间的实数,或诸如 1/22/3 之类的分数。
  • Occ:占有率,0–1 之间的实数。

原点平移

原点平移

将每个原子平移相同的分数偏移量。按一个预设按钮(例如,为同一空间群在原点选择 1 / 2 之间切换),或输入自定义的 (Δx, Δy, Δz) 并按 Apply custom shift

外观

外观

每个原子的半径、颜色和材质。

  • Radius:绘制的原子半径。
  • Atom color:表面颜色。
  • Material:OpenGL 着色器所用的纹理 / 材质属性。
  • 应用于相同元素:将当前的半径和颜色应用于同一元素种类的每个原子。

键 & 多面体

键 & 多面体选项卡

键长阈值、多面体显示、棱边。

化学键列表

为晶体注册的所有化学键/多面体规则。使用 添加 / 替换 / 删除;最左侧的复选框可临时禁用某个条目。与原子和边界一样,要使更改永久生效,需在 主窗口 中按 添加 / 替换

化学键属性

  • 成键原子(中心):用作化学键 / 多面体中心原子的元素种类。
  • 成键原子(顶点):用作顶点(另一端)的元素种类。
  • Length between … and …:距离的下限和上限阈值。超出此范围的原子对不会被绘制。
  • Bond Radius:绘制的化学键粗细(圆柱半径)。
  • 不透明度:化学键透明度(0 = 透明,1 = 不透明)。

多面体属性

  • 显示多面体:勾选时,绘制由当前化学键定义的多面体(仅当中心/顶点组合在几何上有效时)。
  • 内部键:显示/隐藏多面体内部的化学键。
  • 中心原子:显示/隐藏中心原子。
  • 顶点原子:显示/隐藏顶点原子。
  • Color / Alpha:面颜色和透明度。
  • 显示棱边:绘制连接各顶点的棱边。
  • Edge Color / 宽度:棱边的颜色和线宽。

晶胞

晶胞选项卡

平移、晶胞面、棱边。

平移

每个空间群都有一个默认原点。要将绘制的晶胞中心从该原点移开,请沿 abc 设置平移量。

显示晶胞面

是否绘制界定晶胞的六个面。启用时,您可以设置面颜色和透明度。

显示棱边

是否绘制晶胞的棱边。棱边颜色可配置。

晶面

晶面选项卡

带晶体学等价面的米勒指数指定。

H k l 指数

通过米勒指数指定晶面。该复选框可选择性地包含由 (hkl) 生成的晶体学等价面。

平移

将绘制的晶面平移其 d 值(晶面间距)的整数倍——可用于可视化同一族的连续晶面。

配位

配位选项卡

围绕目标原子的配位表和图表。

表格(左侧)

列出哪些原子环绕选定的目标原子以及它们之间的距离。目标原子从表格上方的下拉菜单中选择。

图表(右侧)

由与表格相同的数据导出的邻原子数量与距离的直方图。调整 Bar Width,直到各柱清晰分离出配位壳层——这可对配位数给出一个直观的估计。

Information

Information 选项卡

渲染日志(帧时间、GPU 信息)以及选定原子的基本信息。正在建设中——字段可能会随时间增加。

投影

投影选项卡

投影模式(正交/透视)、深度淡出、渲染质量、透明度模式。

投影

  • Orthographic:完美的平行投影(视点位于无穷远处)。
  • Perspective:从滑块所设视点距离进行的透视投影。

深度淡出

在深度方向上淡出远处的对象。比 Far 更远的对象完全透明;比 Near 更近的对象完全不透明;介于两者之间的对象进行线性插值。

投影中心

将投影中心设置为指定的坐标。打开 自定义 以输入任意坐标。每个坐标都会被折叠到 −0.5 至 +0.5(一个晶格周期)的范围内。Translation 影片(见文件菜单)会自动驱动这些值。

渲染质量

绘制质量(网格细分、抗锯齿)。质量越高速度越慢——请选择与您的 GPU 相匹配的设置。

透明度模式

用于半透明原子和多面体的算法。

  • Approximate:快速,但当许多半透明对象重叠时可能不准确。
  • Perfect:顺序无关透明度——准确但非常慢,实际上需要独立 GPU。

对称元素

对称元素 选项卡将空间群的对称操作直接绘制到三维模型上(用工具栏的 Symmetry Elements 按钮切换)。每一类元素都可以独立显示/隐藏:

  • 旋转轴螺旋轴
  • 镜面滑移面
  • 对称中心旋转反演轴

对于每一类,您都可以调整符号大小、线宽和颜色。

其他

其他选项卡

  • Accessory controls:设置显示大小(光球、轴、图例)。Group by element 切换图例显示。
  • Bonded atomsShow bonded atoms even if they are outside the boundaries 会继续绘制那些与绘制范围内原子成键的原子,即使它们位于范围之外。
  • Label:设置原子标签的字体大小、颜色及其他属性。

工具栏

工具栏

按钮 说明
坐标轴 显示轴的方向(大小 = 晶格常数)
光照 设置光源方向
图例 原子图例
原子 切换原子对象
标签 切换原子标签
晶胞 切换晶胞棱边
对称元素 切换对称元素叠加层(见上文)
重置旋转 返回初始取向
类 Vesta Vesta 风格的外观

另请参阅